东非共同体最早由坦桑尼亚、肯尼亚和乌干达于１９６７年组建。后因三国间出现政治分歧和经济摩擦，共同体于１９７ ７年解体。１９９３年１１月，坦桑尼亚、肯尼亚和乌干达三国开始恢复合作。１９９６年３月１４日，三国成立东非合作体秘书处。１９９９年１１月３０日，三国总统签署《东非共同体条约》，决定恢复成立东非共同体。２００１年１月１５日，三国在坦桑尼亚阿鲁沙举行东非共同体正式成立仪式。同年１１月，东非议会和东非法院成立。２００７年６月，布隆迪与卢旺达加入东非共同体，使得这一组织的成员国增至５个。

    东非共同体的宗旨是加强成员国在经济、社会、文化、政治、科技和外交等领域的合作，协调产业发展战略，共同发展基础设施，实现三国经济和社会可持续发展，逐步建立关税同盟、共同市场和货币联盟，并最终实现政治联盟，建立东非国家政治联邦。２００５年１月１日，坦桑尼亚、肯尼亚和乌干达三国关税同盟正式启动，布隆迪和卢旺达预计将于２００９年７月加入东非共同体关税同盟。

    东非共同体下设机构主要有首脑会议、部长委员会、协调委员会、部门委员会、东非法院、东非议会和秘书处。首脑会议每年至少举行一次，应成员国要求可举行特别会议。